このガイドでは、Mac M1チップを搭載したMacにOptiNiStをインストールする手順を説明します。シンプルでわかりやすいステップに分けて説明するため、初心者の方でも安心して作業を進めることができます
より詳細なインストール手順はこちらからご確認頂けます。
https://optinist.readthedocs.io/en/latest/installation/index.html
ターミナルを開きます。
新しいMac Siliconユーザーの場合、まずはアクティビティモニターを使用して、プログラムが実行中の間にAnacondaとPythonパッケージがIntel用かどうかを確認してください。
Anacondaの実行環境を構築してください。
conda create -n optinist python=3.8 conda activate optinist
ライブラリをインストールしてください。
pip install optinist
任意:保存するディレクトリを設定する方法
OptiNiStのデフォルトの保存ディレクトリは
/tmp/studio
です。このディレクトリに保存された内容は、PCを再起動すると削除されます。保存ディレクトリを環境パスに設定する方法は以下の通りです:
export OPTINIST_DIR="your_saving_dir"
バックエンドプロセスを実行してください。
Run_optinist
run_optinist のログは下記の通りです。
$ run_optinist INFO: Will watch for changes in these directories: [‘/Users/oist/optinist/backend’] INFO: Uvicorn running on http://0.0.0.0:8000 (Press CTRL+C to quit) INFO: Started reloader process [5811] using statreload INFO: Started server process [5820] INFO: Waiting for application startup. INFO: Application startup complete.
ウェブブラウザを起動して、http://localhost:8000 にアクセスしてください。
これでOptiNiStインストールは完了です。
次回からOptiNiStを実行する際は下記を入力してください。
Open Terminal Run_optinist
▼ OptiNiStのダウンロードはこちら(無料)▼
ドキュメント: https://optinist.readthedocs.io/en/latest/index.html
GitHub: https://github.com/oist/optinist/releases/tag/v1.0.0
Python Package Index: https://pypi.org/project/optinist/
Docker Hub: https://hub.docker.com/r/oistncu/optinist
【関連記事】
「カルシウムイメージングの可能性を解き明かすOptiNiStの紹介」
https://www.araya.org/rdx/optinist/
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